Judith Nabakooba đã đến trường trung học cơ sở Lưu trữ 2019-03-28 tại Wayback Machine Ndejje, nơi cô đã nhận được chứng chỉ giáo dục của Uganda vào năm 1994 và chứng chỉ giáo dục nâng cao vào năm 1997. Sau đó, bà nhập học Đại học Makerere để học Truyền thông đại chúng và có bằng cử nhân năm 2002. Sau đó, bà đăng ký học văn bằng quản lý lãnh đạo chiến lược tại Học viện quản lý Chartered (CMI-UK) vào năm 2010.

Năm 2012, bà có bằng Thạc sĩ Nhân quyền tại Đại học Makerere cũng như bằng tốt nghiệp sau đại học về Quản lý từ Học viện Quản lý Uganda, Campuchia . Ngoài ra, bà đã có được bằng tốt nghiệp sau đại học về Giám sát và Đánh giá từ Học viện Quản lý Uganda vào năm 2013. [3]